Der Biodiversitätsfonds unterstützt Projekte von privaten Personen, Organisationen (z. B. NGOs), Betrieben, Kommunen sowie von anderen juristischen Personen mit bis zu 100 Prozent der förderungsfähigen Kosten.

Der Biodiversitätsfonds zielt generell auf den Erhalt, auf die Verbesserung und auf die Wiederherstellung der biologischen Vielfalt in Österreich durch Unterstützung von Maßnahmen zur Umsetzung der nationalen Biodiversitäts-Strategie ergänzend zum Wirkungsbereich der gemeinsamen Agrarpolitik oder des österreichischen Waldfonds ab.